黄连原植物为多年生草本。根茎细长，黄色。叶基生，硬纸质，3全裂;中裂片具长柄，卵状菱形，羽状深裂，边缘具尖锯齿。二歧或多歧聚伞花序，花3-8，萼片5，黄绿色。花瓣线形或披针形，雄蕊多数，心皮离生，具短梗。果具细长梗。花期2-4月，果期5-6月。
黄连药材为毛茛科植物黄连的干燥根茎，多簇状分枝，弯曲互抱，形似倒鸡爪状。表面灰黄色或黄棕色，外皮剥落处显红棕色，粗糙，有不规则结节状隆起、须根及须根残基。质坚硬，折断面不整齐，皮部橙红色或暗棕色，木部鲜黄色或橙黄色，髓部红棕色，有时中空。气微，味极苦。