2011年北京市民政局社团评估等级为5A级
北京预防学会，1989年3月18日由北京市卫生局原副局长李长明、原北京市劳动卫生与职业病防治所所长于永中、北京市卫生防疫站站长级殿馀、北京市卫生局原副局长吕德仁、原北京市卫生防疫站副站长李永民发起并正式成立。原北京市副市长何鲁丽同志、卫生部副部长何界生同志、北京市卫生局局长刘俊田同志任名誉会长。目前已历4届。历届会长是李长明，吕德仁(第二至第四届);秘书长是徐建约、唐耀武。挂靠单位是北京市卫生防疫站。20年来会员队伍不断扩大，由成立之初的980名发展到现在的3492名，团体会员由12个发展到42个。专业委员会有环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少(青)卫生、劳动卫生与职业病防治、院落内感染管理、卫生检验与实验医学、健康教育、地方病防治、妇女保健、儿童保健、卫生防疫管理、卫生毒理学、消毒与病媒生物防治、微生态16个。工作委员会有组织、学术咨询、科普宣传3个。学会有院士2名，学科带头人122名。国家级课题负责人4人，市级科研项目负责人58人。学会先后4次获得中华预防医学会“先进学会”称号。2004年获得首都精神文明管理委员会“首都文明单位”称。2005年被北京市民政局、北京市人事局、北京市社会团体管理办公室评为“先进民间组织”。8次获得北京市科协“先进学会”称号。
自成立以来，学会组织国内学术交流526次。参加交流人数12.3万人次，组织国际及双边学术交流21次;境外交流论文52篇，境外参加人数86人场次，专业学术年会32场次，综合学术年会3次。交流论文1926篇。共有16万多人次参加了形式不同的学术活动，主要活动如下：
1990年8月，召开了首届《中华预防医学北京分会科技年会》，现举办了4届，交流论文320篇。1996年，结合大城市面临突发公共卫生事件的威胁和挑战，受北京市卫生局委托，组织专家调研、进行了“城市突发公共卫生事件及应急体系建设”的调研论证，经调动首都医学院校、科研、财政等众多资源，起草并向北京市政府、北京市卫生行政部门提供了《城市突发公共卫生事件及应急体系建设方案》。1999年5月，根据北京市人民政府53号文件精神，以“还我碧水蓝天”为主题，“环境与健康”专家论证会提出了城市环境有害因素和物质的治理措施和方案。特别对城市垃圾、装饰材料污染、工业污染等提出了很多具有很好操作性的建设。2002年，配合市委、市政府决心要在2008年举办历史上最为出色的一届奥运会，本会为《北京奥运医疗卫生行动规划》征集了11篇专题报告和6条科技工作者建议，同时，还召开了《奥运卫生防病保障专家座谈会》。2003年5月，在抗击非典的关键时期，学会召开了《控制非典疫情高层专家研讨会》。参加了《突发公共卫生事件应急条件》和《传染病防治法》的起草和修订工作。2000年开始，为落实“百千万人才培训计划”，受北京市卫生局委托，开展了北京市预防保健医师岗位培训、技能操作考试和理论考试项目。现已开展了6届，共培训2800多人次。1128人取得了《北京市预防保健医师网位合格证书》。2003年，受市卫生局委托，连续办了2轮4期职业卫生机构资质认证培训班，同时进行了4批722人次的闭卷考试。
成立18年来，学会重点围绕北京市重点传染病如肝炎、霍乱、肾综合征出血热(HFRS)、艾滋病(SIDS)流感防治等进行研讨交流。先后召开“人类传染病发病趋势与展望”“十大公共卫生问题”等120多场次学术报告、专题研讨会议。受众1.1万多人次。
打造“公共卫生北京论坛”高端学术口牌，迄今，已成功举办了7届。中内电视台、北京电视台、健康报、北京日报、北京晚报、北京青年报和首都科技网等新闻媒体同时进行了跟踪报导。
1995年开始，先后召开了中日保健品学术研讨会、中、日、韩劳动卫生与职业病学术交流会和中、澳艾滋病防治学术交流会。
多次组织参加市科协青年学术演讲比赛和青年科技论文评选工作。特别在第八届北京青年优秀科技论文评选中，学会征集76篇论文，举荐12篇
论文，在全市86个市级学会共征集2706篇论文，取得一等奖1篇，二等奖1篇，三等奖1篇的好成绩。获得了市科协组织工作一等奖。
14个专业委员会组织开展了56个市级继续医学教育项目。
参加“北京科技周”活动，每年都组织数名专家在指定的公共场所进行预防保健咨询。发放各类宣传品200多万份。利用“计划免疫宣传日”“世界卫生日”等卫生节日，举办科普报告会。
2000年开始，学会出版发行了《首都预防医学》期(内部);《首都公共卫生》16期(公开);《毒理学》52期(公开);《国际病毒学》52期。发表论文2432篇。《北京预防医学通讯》32期。编辑了《社区预防保健医师必读》《社区预防保健医师岗位培训大纲》《社区预防保健医师考试大纲》《社区预防保健医师技能操作规范》《营养与食品安全》《新发传染病预防与控制》《妇幼保健》《北京市10年来公共卫生突发事件案例选编》《法定传染病识别与处理》《法定传染病识别与处理习题集》《现代农民防病保健掼》《消毒杀虫灭鼠指导手册》《绿色健康指南》《学术年会论文集》《首都市民健康饮食指南》。